El plan de estudios de la Maestría en Ciencias Matemáticas, comprende un total de 133 créditos en cuatro semestres; de éstos, 80 corresponden a las Unidades de Aprendizaje obligatorias y optativas, 8 al Seminario I: de Investigación y 45 a los Seminarios de Titulación. Así, el alumno deberá cursar: diez asignaturas, un seminario de investigación y tres   seminarios   de   titulación,   además  deberá   presentar,   como   requisitos adicionales, 2 exámenes generales y elaborar un trabajo de investigación que tendrá que defender ante un sínodo, ese trabajo de investigación podrá ser: tesis, libro científico o de texto o artículo aceptado o publicado en una revista científica de prestigio internacional, para obtener el grado de Maestro en Ciencias Matemáticas.

Las Unidades de Aprendizaje se clasifican en obligatorias (OB) y optativas (OP), las primeras se refieren a aquellas que deberá cursar para su formación inicial y las segundas las que le permitirán adquirir una formación específica en el área de su interés y de acuerdo a las Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento.

El plan de estudios consta de dos niveles: inicial y terminal.

El nivel inicial, comprende los 2 primeros semestres y el terminal los dos últimos   semestres.   En   el   nivel   inicial   el   estudiante   cursará   6   Unidades de Aprendizaje obligatorias teórico-prácticas. Este nivel tiene como objetivo, proporcionar al alumno una formación en matemáticas, como base de una especialización, orientarlo en un campo específico e introducirlo a una línea de investigación, mediante el Seminario I: De Investigación y el Seminario II: De Titulación.

En el nivel terminal, comprende el tercer y cuarto semestre. En el nivel terminal  el estudiante deberá cursar cuatro Unidades de Aprendizaje optativas y los Seminarios III y IV de Titulación. Este nivel tiene como objetivo, proporcionar al alumno una formación específica según la línea de investigación que haya elegido y realizar su trabajo para la titulación (tesis, artículo o libro).